En principe, pour les SPIC, les excédents ou les déficits peuvent être transférés en tout ou partie par délibérations concordantes de l’EPCI et de la (des) commune(s) concernée(s). Bien que ce transfert soit facultatif, il semble exister des risques à ne pas transférer les excédents afférents à une compétence transférée à une communauté.
D’abord, un risque contentieux dès lors que la jurisprudence a pu porter une attention particulière à la nature des excédents non transférés : elle a ainsi pu déterminer que si les sommes étaient nécessaires pour faire face aux besoins de financement relatifs à la compétence, elles devaient être transférées à l’EPCI (TA Versailles, 7 mai 2009, n°0604650, CE 21 novembre 2012, n°346380). Par ailleurs, une réponse ministérielle publiée au JO le 23/04/2013 a pu indiquer que « les résultats budgétaires du SPIC, qu'ils soient excédentaires ou déficitaires, doivent en principe être transférés à l'établissement public bénéficiaire du transfert de compétence ».
Ensuite, si les excédents ne sont pas transférés et que des investissements doivent être réalisés rapidement sur les réseaux, l’EPCI pourra être contraint de moduler le prix de l’eau ou de l’assainissement en fonction des territoires. Cette possibilité est permise par le Conseil d’Etat (10 mai 1974, Denoyez et Chorques) dès lors que des différences de situations sont appréciables entre les usagers qui ne bénéficient pas tous des mêmes réseaux et que la différenciation tarifaire répondrait à une nécessité d’intérêt général.